根據(jù)DNA擴(kuò)增的目的和檢測(cè)的標(biāo)準(zhǔn)，可以將PCR儀分為普通PCR儀，梯度PCR儀，原位PCR儀，實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀四類。

1. 普通PCR儀

一次PCR擴(kuò)增只能運(yùn)行一個(gè)特定PCR儀分類退火溫度的PCR儀稱作傳統(tǒng)PCR儀，也叫普通PCR儀。如果要做不同的退火溫度需要多次運(yùn)行。主要是用于簡(jiǎn)單的、對(duì)目的基因退火溫度的擴(kuò)增。該儀器主要應(yīng)用于科學(xué)研究、教學(xué)、醫(yī)學(xué)**、檢驗(yàn)檢疫等機(jī)構(gòu)。

2. 梯度PCR儀

一次性PCR擴(kuò)增可以設(shè)置一系列不同的退火溫度條件（溫度梯度，通常有12種溫度梯度）的PCR儀稱作梯度PCR儀。因?yàn)楸粩U(kuò)增的不同DNA片段，其**適退火溫度是不同的，通過(guò)設(shè)置一系列的梯度退火溫度進(jìn)行擴(kuò)增，從而一次性PCR擴(kuò)增，就可以篩選出表達(dá)量高的**適退火溫度，進(jìn)行有效的擴(kuò)增。用于研究未知DNA退火溫度的擴(kuò)增，這樣節(jié)約成本的同時(shí)也節(jié)約了時(shí)間。梯度PCR儀在不設(shè)置梯度的情況下也可以做普通PCR擴(kuò)增。主要應(yīng)用于科研、教學(xué)機(jī)構(gòu)。

3. 原位PCR儀

用于從細(xì)胞內(nèi)靶DNA的定位分析的細(xì)胞內(nèi)基因擴(kuò)增儀稱作原位PCR儀。如病源基因在細(xì)胞的位置或目的基因在細(xì)胞內(nèi)的作用位置等。是保持細(xì)胞或組織的完整性，使PCR反應(yīng)體系滲透到組織和細(xì)胞中，在細(xì)胞的靶DNA所在位置上進(jìn)行基因擴(kuò)增。不但可以檢測(cè)到靶DNA，又能標(biāo)出靶序列在細(xì)胞內(nèi)的位置，對(duì)于在分子和細(xì)胞水平上研究疾病的發(fā)病機(jī)理和**過(guò)程及病理的轉(zhuǎn)變有重大的實(shí)用價(jià)值。主要應(yīng)用于**、科研。

4. 實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀

在普通PCR儀的基礎(chǔ)上增加一個(gè)熒光信號(hào)采集系統(tǒng)和計(jì)算機(jī)分析處理系統(tǒng)的PCR儀稱作熒光定量PCR儀。其PCR擴(kuò)增原理和普通PCR儀擴(kuò)增原理相同，只是PCR擴(kuò)增時(shí)加入的引物是利用同位素、熒光素等進(jìn)行標(biāo)記，使用引物和熒光探針同時(shí)與模板特異性結(jié)合擴(kuò)增。擴(kuò)增的結(jié)果通過(guò)熒光信號(hào)采集系統(tǒng)實(shí)時(shí)采集信號(hào)連接輸送到計(jì)算機(jī)分析處理系統(tǒng)得出量化的實(shí)時(shí)結(jié)果輸出。把這種PCR儀叫做實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀（qPCR儀）。熒光定量PCR儀有單通道、雙通道和多通道。當(dāng)只用一種熒光探針標(biāo)記的時(shí)候，選用單通道，有多熒光標(biāo)記的時(shí)候用多通道。單通道也可以檢測(cè)多熒光的標(biāo)記的目的基因表達(dá)產(chǎn)物，因?yàn)橐淮沃荒軝z測(cè)一種目的基因的擴(kuò)增量，需多次擴(kuò)增才能檢測(cè)完不同目的基因片段的量。主要用于醫(yī)學(xué)**檢測(cè)、生物醫(yī)藥研發(fā)、食品行業(yè)、科研院校等機(jī)構(gòu)。

根據(jù)DNA擴(kuò)增時(shí)升溫介質(zhì)的不同可以將PCR儀分為：變溫鋁塊式PCR儀、水浴式PCR儀和變溫式流式PCR儀。

1. 變溫鋁塊式PCR儀

熱源用電阻絲、導(dǎo)電熱膜、熱泵式珀?duì)柼雽?dǎo)體元件制作，讓帶有凹孔的鋁塊升溫，用自來(lái)水、制冷壓縮機(jī)或半導(dǎo)體降溫。優(yōu)點(diǎn)：溫度傳導(dǎo)快，各管的擴(kuò)增一致性好；反應(yīng)管規(guī)格一致時(shí)無(wú)須外涂石蠟油；可用微電腦調(diào)節(jié)溫度轉(zhuǎn)換；儀器制冷部件可以在完成擴(kuò)增后降溫**4℃，保存樣品過(guò)夜。缺點(diǎn)：管內(nèi)反應(yīng)液溫度比鋁塊顯示PCR儀分類溫度滯后；須使用特制且與鋁塊凹孔形狀緊密吻合的薄壁耐熱反應(yīng)管；變溫時(shí)難以快速克服鋁塊的熱容量；壓縮機(jī)制冷啟動(dòng)慢、重量大、滯后時(shí)間長(zhǎng)。

2. 水浴式PCR儀

儀器本身有3個(gè)不同溫度的水浴，用機(jī)械裝置將帶有反應(yīng)管的架子移位和升降溫度，使溫度循環(huán)。優(yōu)點(diǎn)：水為傳熱介質(zhì)，溫度易恒定，熱容量大；反應(yīng)管形狀無(wú)特殊要求，溫度轉(zhuǎn)換較快擴(kuò)增效果穩(wěn)定；具有較高的運(yùn)行效率，擴(kuò)增產(chǎn)物特異性好。缺點(diǎn)：高溫浴不穩(wěn)定，水面需用液體石蠟覆蓋；改變水浴溫度所需時(shí)間較長(zhǎng)，不易實(shí)施復(fù)雜程序（如套式PCR）的操作，儀器體積較大；室溫影響溫度下限。

3. 變溫式流式PCR儀

依據(jù)空氣流的動(dòng)力學(xué)原理，以冷熱氣流為介質(zhì)升降溫度。優(yōu)點(diǎn)：變溫迅速，擴(kuò)增效果好，適合于微量、快速PCR；反應(yīng)器不受形狀限制，管外無(wú)需涂液體石蠟；測(cè)定管內(nèi)液體溫度作為控溫依據(jù)，顯示溫度真實(shí)可靠；易于用微電腦設(shè)定復(fù)雜的變溫程序；易于制成重量較輕的便攜式儀器，適合外出作業(yè)。缺點(diǎn)：以室溫為溫度下限，低溫難控制，對(duì)空氣流的動(dòng)力學(xué)要求較高，需精心設(shè)計(jì)才能使各管溫度均勻。